教育機関
| 南山学園 | 大学、短期大学、高等学校、中学校、小学校を持つ総合学園 |
| 南山大学 | 名古屋市と愛知県瀬戸市にキャンパスを持つ総合大学 |
| 南山大学人文学部キリスト教学科 | 神学生がここで神学を学びます。一般の学生も大勢在籍しています |
| 南山高等学校・中学校 男子部・女子部 |
それぞれ名古屋市にキャンパスを持つ中・高等学校 |
| 南山国際高等学校・中学校 | 愛知県豊田市にキャンパスを持つ、主に帰国子女のための中・高等学校 |
| 聖霊高等学校・中学校 | 瀬戸市にキャンパスを持つ女子中・高等学校 |
| 南山大学附属小学校 | 名古屋市にキャンパスを持つ小学校 |
| 長崎南山高等学校・中学校 | 長崎市にキャンパスを持つ中・高等学校 |
| 長崎南山第二学園 | 長崎市にある小学校と幼稚園 |
研究機関
| 南山宗教文化研究所 | 主に日本を中心とした宗教と文化一般に関する研究をしており、また諸宗教間の相互理解の促進にも力を入れる |
| 南山大学人類学研究所 | 主にアジア諸地域の伝統的な民族文化を研究する |
| 南山大学社会倫理研究所 | 日本社会の抱える問題群を直視し、どのような価値を大事にする社会を築くのかを考察する |